Program Studi S3 Studi Islam program studi baru menewarkan beberapa konsentrasi kajian sebagai berikut:
- Hubungan Agama Agama
- Islam dan Politik
- Islam dan Lingkungan
- Sosiologi
- Antropologi
- Sejarah Peradaban Nusantara
- Kajian Islam Timur Tengah
- Kajian Islam Asia Tenggara
- Literasi, Kepustakaan dan Budaya
- Gender, Ham dan Demokrasi
- Tasauf dan Psikoterapi
- Psikologi Agama